​Ο αγώνας του εστιάστηκε κατά των διώξεων του μοναχισμού και του ξενόφερτου τρόπου ζωής τον οποίο και θεωρούσε υπεύθυνο για την αλλοίωση του ορθόδοξου φρονήματος,  στο να βαπτιστεί ορθόδοξος ο Βασιλιάς Όθωνας και να επανασυνδεθεί η εκκλησία της Ελλάδας με το Οικουμενικό Πατριαρχείο μετά το σχίσμα του 1850.

​

Το 1840 συνέγραψε το βιβλίο «Φωνή Ορθοδοξίας περί των μελλόντων, καθώς και επιστολές προς τους εν Αγίω Όρει πατέρων» με διδαχές και προφητείες όπως η αλλαγή του ημερολογίου από Ιουλιανό σε Γρηγοριανό 75 χρόνια πριν αυτό συμβεί.

Το 1850 συλλαμβάνεται στην Πάτρα μαζί με άλλους 150 λαϊκούς, κληρικούς και καλόγερους ως αρχηγοί και υποκινητές ανταρσίας, καθότι άπαντες μέλη της Φιλορθόδοξης Εταιρείας  και φυλακίζεται χωρίς να περάσει από δίκη. Έγκλειστος των φυλακών εκάρη μοναχός και τον Απρίλιο του 1852 δηλητηριάσθηκε, πιθανόν από αγγλόφιλους. Σύμφωνα με άλλες πηγές η σύλληψη του έγινε στη Λακωνία, δικάστηκε στην Αθήνα και εξορίστηκε σε μοναστήρι της Άνδρου για “εκκλησιαστικό σωφρονισμό” όπου και άφησε την τελευταία του πνοή.

Η ζωή και το έργο του Κοσμά Φλαμιάτου, καθώς και ένα άγνωστο μέχρι τότε στιχούργημα του, περιγράφονται  στο βιβλίο "Κοσμάς Φλαμιάτος & Παπουλάκος - Στις φυλακές Αράπη του κάστρου του Ρίου" του καθηγητή Αλέξιου Παναγοπουλου (έκδοση του 2008). Μέσα από το βιβλίο αναδεικνύεται ο τόπος που έδρασε και απεβίωσε ο Φλαμιάτος και η προσπάθεια του να διαπαιδαγωγήσει και αφυπνίσει τον πληθυσμό της περιοχής για την επικινδυνότητα, κατά τον ίδιο, των προτεσταντικών και δυτικών προτύπων διακυβέρνησης της εποχής.